Plany te jednak nie powiodły się i 30 kwietnia 1586 na polecenie prymasa Karnkowskiego kapituła gnieźnieńska wydała drugi przywilej fundacyjny, w którym określono program nauczania, wysokość nakładów finansowych i podległość prefektowi seminarium dwóch kaliskich szkół kolegiackich: św. Magdaleny i św. Mikołaja, którym od tego roku został Piotr Fabrycy Kowalski. Wówczas doszło jednak do sporu między prymasem i jezuitami a kapitułą gnieźnieńską dotyczącego sposobu finansowania studiów dla ubogich kleryków. Sprawa kontrybucji rocznej stała się przedmiotem narad na synodzie archidiecezjalnym w Łęczycy w 1589, ale nie doprowadziły one do porozumienia, które osiągnięto dopiero w 1591.
Ostateczne rozwiązanie problemu nastąpiło 29 marca 1593 na synodzie archidiecezji gnieźnieńskiej w Łowiczu, który zdecydował o utworzeniu seminarium duchownego archidiecezji gnieźnieńskiej przy działającym od 1584 Kolegium Karnkowskiego (łac. Collegium Karnkovianum), jednym z najznamienitszych kolegiów jezuickich w Rzeczypospolitej. Najwyższym przełożonym seminarium był arcybiskup gnieźnieński, a prefekt seminarium podlegał rektorowi kolegium jezuickiego.