Piotr Fabrycy Kowalski autor dzieł teologicznych (wicerektor) 1586-87 dyrektor Szkoły Kaliskiej kierował w tym trudnym czasie Seminarium w Kaliszu jako prefekt w latach 1611–1612.
Dzięki staraniom kapituły gnieźnieńskiej synod archidiecezjalny w Łowiczu aktem z 24 września 1620 postanowił o przeniesieniu seminarium do Gniezna. Seminarium archidiecezji gnieźnieńskiej działało w Kaliszu do 20 czerwca 1621 i zostało przeniesione do Gniezna przez prymasa Wawrzyńca Gembickiego 8 lipca tego samego roku.
Od 1993 Seminarium w obecnym kształcie zostało erygowane 10 czerwca 1993 przez biskupa diecezjalnego kaliskiego Stanisława Napierałę.
Klerycy są studentami teologii pastoralnej o specjalności kapłańskiej. Jurysdykcję kanoniczną nad seminarium sprawuje biskup diecezjalny kaliski.
W roku akademickim 2015/2016 z powodu zbyt małej liczby chętnych (3 osoby) nie utworzono po raz pierwszy w historii seminarium pierwszego roku studiów, kandydatów skierowano do seminarium w Poznaniu.
Od roku formacyjnego 2015/16 alumni seminarium kaliskiego odbywają pierwsze dwa lata formacji w seminarium w Poznaniu, a następne cztery lata w Kaliszu.