Kościół został oddany archidiecezji lwowskiej i pełnił funkcję kościoła parafialnego. Po I wojnie światowej i odzyskaniu przez Polskę niepodległości, zlikwidowano więzienie w gmachu poklasztornym, przekazując go Politechnice Lwowskiej. Był on m.in. siedzibą katedry i Zakładu Chemii Fizycznej PLwWspomnienia prof. Alicji Dorabialskiej.
W 1927 przeprowadzono prace konserwatorskie, w wyniku których powstała mensa ołtarzowa oraz nowe baptysterium ozdobione freskami Jana Henryka Rosena. W 1936 r. wybudowano organy.
W dwudziestoleciu międzywojennym i w okresie wojny posługę duszpasterską w tym kościele pełnili m.in.: ks. Gerard Szmyd (1930–1938), ks. Włodzimierz Cieński, ks. Tadeusz Fedorowicz. Po 1945 r. m.in. ks. Zygmunt Truszkowski, o. Rafał Kiernicki i ks. Zygmunt Hałuniewicz.
Po II wojnie światowej zmieniono nazwę ulicy, przy której znajduje się budynek z ul. Leona Sapiehy na ul. Stepana Bandery 8.