Kościół pełnił funkcje sakralne do października 1962, kiedy to władze radzieckie odebrały go władzom kościelnym i przekazały Politechnice Lwowskiej, początkowo na salę taneczną, jako klub młodzieżowy, a następnie salę organową. Bogate zabytkowe wyposażenie kościoła (m.in. ołtarze boczne, ambona, obrazy, rzeźby, konfesjonały, klęczniki, ławki) przejęte zostały przez miejscowe władze i częściowo zniszczone, a pozostałości zostały rozproszone po muzeach. Baptysterium z freskami Jana Henryka Rosena zamieniono na toaletę, a cenne freski zostały zamalowane. Wieże kościelne pozbawiono krzyży. Znajdującą się na przykościelnym placu figurę Matki Bożej z 1580 roku zdewastowano. Jedyną pozostałością po dawnej świetności kościoła, jest stiukowy ołtarz główny ze scenami z życia św. Marii Magdaleny z 1634 roku (proj. W. Kielara) oraz nowy, alabastrowy z 1926 roku (proj. Janiny Reichert-Toth), organy i epitafia ze zniszczonymi elementami dekoracyjnymi.
W kościele znajdował się obraz Pięknej Madonny z Dzieciątkiem, prawdopodobnie autorstwa Stanisława Wyspiańskiego.