Wobec wybuchu walk wewnętrznych abp Rygi i jego koadiutor Krzysztof meklemburski zostali wygnani i zwrócili się o pomoc do Zygmunta Augusta, co spowodowało wojskową interwencję Rzeczypospolitej. Gdy w sierpniu 1556 wojsko polsko-litewskie zebrało się na Żmudzi, Fürstenberg, będący już nowym wielkim mistrzem zakonu, nie mogąc liczyć na żadną pomoc, ugiął się przed żądaniami i Wilhelm Hohenzollern powrócił na swoje arcybiskupstwo, a wraz z nim Krzysztof meklemburski odzyskał stanowisko koadiutora.
Spory polityczne w Inflantach, kryzys państwa zakonnego i sprzeczne interesy jego wielkich sąsiadów, tj. Rzeczypospolitej, Rosji, Danii i Szwecji oraz Cesarstwa, doprowadziły do wybuchu w 1558 wojny Rzeczypospolitej z Rosją, która po przyłączeniu się w 1563 do działań wojennych Danii i Szwecji przerodziła się w tzw. I wojnę północną. W 1561 r. nastąpiła sekularyzacja państwa kawalerów mieczowych i powstało księstwo kurlandzkie. Mimo to wojna trwała nadal, w czasie działań wojennych, w lutym 1563 r. zmarł abp Rygi Wilhelm von Hohenzollern. Krzysztof meklemburski w porozumieniu z królem Szwecji Erykiem XIV chciał objąć opuszczone arcybiskupstwo, ale przeszkodziły mu w tym wojska polsko-litewskie, które pod wodzą Ernesta Wejhera (Weihera) zdobyły zamek Dahlen, gdzie Krzysztof dostał się do niewoli, zostawszy wywieziony później do Wilna.