Przebywając w niewoli Krzysztof, będąc pijanym, zabił swego nadzorcę Stanisława Wąsowicza, jednego z organizatorów floty kaperskiej Zygmunta Augusta. Funkcję koadiutora arcybiskupstwa ryskiego Krzysztof pełnił do 1569 r.
Pierwszą żoną Krzysztofa była poślubiona 27 października 1573 na zamku w Koldyndze Dorota duńska (ur. 1528), córka króla Danii Fryderyka I i Zofii pomorskiej. Dorota zmarła 11 listopada 1575 w rezydencji biskupiej w Schönberg w Meklemburgii. Kolejną żoną Krzysztofa została Elżbieta szwedzka, córka króla Szwecji Gustawa I Wazy. Ślub miał miejsce 7 maja 1581 w Sztokholmie. Po śmierci Krzysztofa (1592) wdowa powróciła do Szwecji. Zmarła 20 listopada 1597 i została pochowana w katedrze w Uppsali. Krzysztof spoczął w katedrze w Schwerinie. Na zamówienie żony w północnej kaplicy ambitu stanął nagrobek przedstawiający parę książęcą na klęczniku. Dzieło wykonał w latach 1594-1596 flamandzki warsztat Roberta Coppensa i pomorski malarz Georg Strachen.
Jedynym dzieckiem Krzysztofa i Elżbiety była Małgorzata (ur. 11 lipca 1584, zm.