W 1865 roku rozpoczęła się kolejna wojna z Oranią. W 1866 Burowie spalili dojrzałe zboże na polu. W obliczu głodu, Molapo – syn Moshoeshoe, a później sam Moshoeshoe, podpisał traktat pokojowy z Burami. W wyniku traktatu z Thaba Bosiu w marcu 1866 roku, Moshoeshoe stracił znaczną część nizin na zachodzie swego terytorium. Zawarcie traktatu miało być kolejnym taktycznym posunięciem Moshoeshoe, który potrzebował czasu na zgromadzenie sił i planował natarcie na Burów. Do kolejnej wojny doszło w 1867 roku, jednak szybko okazało się, że Moshoeshoe nie ma w pełni kontroli nad swoimi ludźmi – niektórzy z jego synów odmówili mu wsparcia, a jego brat zawarł oddzielny traktat. W tym samym roku Moshoeshoe zwrócił się ponownie z prośbą o protektorat Wielkiej Brytanii, zdawszy sobie sprawę, że nie będzie w stanie sam powstrzymywać naporu Burów. Wielka Brytania zaanektowała terytorium Moshoeshoe i utworzyła protektorat w 1868 roku, a podpisany rok później z Burami traktat określił granice tego kraju, identyczne z granicami obecnego Lesotho.
Pod koniec życia, Moshoeshoe podjął próbę pogodzenia rodzin swoich synów, by zapewnić krajowi jednowładztwo. Moshoeshoe zmarł 11 marca 1870 w Thaba Bosiu.