Wybór był jednogłośny, albowiem wcześniej dwory w Wiedniu i Dreźnie wypłaciły 45 000 guldenów głosującym kanoniczkom i kanonikom z Essen i Thorn.
Po śmierci starej i chorej Franciszki Krystyny von Pfalz-Sulzbach, Maria Kunegunda objęła 16 lipca 1776 urząd opatki w Essen i Thorn. Jako opatka zasiadała w Reichstagu z prawem głosu; przysługiwał jej także status księcia Rzeszy.
Działalność thumb|240px|Maria Kunegunda jako opatka w Essen i Thorn Opactwo w Essen na początku rządów Marii Kunegundy było instytucją bardzo szacowną, ale niedostosowaną do życia dworskiego wzorowanego na Dreźnie, bądź na dworze brata opatki - Klemensa Wacława w Koblencji, gdzie Maria Kunegunda głównie mieszkała od 1769. Budynki opactwa były tak wilgotne, że wysłannik Wettynów, który nadzorował wybór opatki, nie chciał w nim nocować, a miasto opisywał jako bardzo małe i prowincjonalne, praktycznie bez życia kulturalnego, z drogami w katastrofalnym stanie. Maria Kunegunda uroczyście wjechała do Essen dopiero 8 października 1777, ale już następnego dnia wyjechała.