Maria Kunegunda była wpływową osobą na dworze swojego brata. Klemens Wacław niemal żadnej decyzji nie podejmował bez zasięgnięcia opinii siostry. Opatka miała wielki wpływ na politykę wewnętrzną. Rzadko bywała w opactwie, ale z oddali interesowała się swoimi posiadłościami. Z tego powodu, podobnie jak poprzedniczka, kilkakrotnie popadła w konflikt z kapitułą, ponieważ nie znała praw zwyczajowych opactwa, a jej doradca - Johann Jakob Schmitz, miał poglądy absolutystyczne, które kolidowały z prawami kapituły, stanów i miasta.
Reforma prawa w 1781 została wprowadzona bez przeszkód. Konflikt nasilił się w 1786, gdy stany pod przewodnictwem pierwszego z nich, czyli kanoniczek, wystąpiły do Sądu Rzeszy przeciw dekretowi opatki w sprawie lasów i polowań. Obie strony były świadome, że proces nie przyniesie trwałego rozwiązania. W 1792 Schmitz uzyskał profesurę na uniwersytecie w Bonn i opuścił Essen. W tym też roku Maria Kunegunda po raz ostatni odwiedziła Essen. W 1793 przedstawiciele opatki i stanów rozpoczęli rozmowy. Po długich rokowaniach, 17 września 1794 uzgodniono treść pierwszej, pisanej konstytucji opactwa, określającej prawa opatki i stanów oraz podzielono posiadłości klasztoru.