Maria Kunegunda wydała także zakaz spędzania płodu, zarządzenie regulujące działalność chirurgów i akuszerek. Ponadto opatka założyła szkołę dla dziewcząt i ograniczyła liczbę dni świątecznych. Jej poprzedniczka marnotrawiła majątek klasztoru i z tego powodu Maria Kunegunda spotkała się z opozycją kapituły wobec swoich planów budowlanych. Jej projekt przebudowy pałacu Borbeck nie został zrealizowany z powodu oporu stanów. Taki sam los spotkał plan budowy drogi pomiędzy pruskim hrabstwem Mark a miastem Wesel, która miała biec przez tereny należące do opactwa i poprawić komunikację na jego terenie. Maria Kunegunda wybudowała drogę z własnych środków.
Wraz z pruską okupacją, 3 sierpnia 1802 rozpoczęła się sekularyzacja opactwa. Maria Kunegunda straciła świeckie prawa polityczne, zachowując zwierzchnictwo duchowe. Na mocy układu z Królestwem Pruskim otrzymywała aż do śmierci 6500 talarów z dóbr opactwa w Essen.