Czasy nowożytne Zygmunt August jako pierwszy przeprowadził się na stałe z dworem i urzędami centralnymi do Warszawy – stało się to we wrześniu 1568 r.M. Wrede, Warszawa i Zamek Królewski: na drodze do nowego centrum Rzeczypospolitej, w: Mówią Wieki Nr 7/2016, s. 29–33. Konstytucja sejmu lubelskiego z 1569 r. określiła miasto na Mazowszu jako stałe miejsce zwoływania Sejmów. Po śmierci ostatniego Jagiellona sytuacja z powrotem uległa zmianie – Henryk Walezy rezydował z powrotem w Krakowie, a Stefan Batory wolał m.in. Grodno. mały|Warszawa wraz z Zamkiem Królewskim w XVIII wieku na obrazie Bernarda Bellotta W początkowych latach panowania Zygmunt III Waza również wolał Kraków, jednak ciągłe podróże na Sejmy oraz sprawy szwedzkie sprawiały, iż przez długi okres był on w nim nieobecny. W 1596 r. rozpoczął on proces wyjazdu dworu królewskiego do Warszawy, która ze względu na centralne położenie stała się ważnym łącznikiem między głównymi centrami politycznymi Polski i Litwy, Krakowem i Wilnem, do Warszawy przeniesiono z Krakowa także urzędy centralne, tj. urzędy marszałkowski, kanclerski i podskarbiński, które zostały umieszczone w rozbudowanym po 1598 na rozkaz króla Zamku Królewskim.