Znaczenie ku podjęciu tej decyzji miała także polityka wewnętrzna monarchy – nowa stolica z nową elitą oraz otoczenie składające się przeważnie z drobnej katolickiej szlachty były atrakcyjniejsze niż bogata i średnia szlachta małopolska, wywodząca się ze znanych rodów oraz często innowiercza. Mniej istotnym powodem był pożar w 1595 r. na Wawelu podczas eksperymentu alchemicznego w obecności króla. Proces przenoszenia dworu trwał do 25 maja 1609. Dwór królewski spławiano do Warszawy Wisłą. Kraków jednak nadal pozostawał oficjalną stolicą Rzeczypospolitej; tam też koronowali się kolejni władcy (z wyjątkiem Stanisława Leszczyńskiego i Stanisława Augusta Poniatowskiego). Warszawę uznawano za „miasto rezydencjonalne Jego Królewskiej Mości”.

Za panowania Wettynów głównym miastem rezydencjonalnym królów było Drezno, a poza Warszawą rolę nieformalnej stolicy pełniła Wschowa w Wielkopolsce, w której królowie okresowo rezydowali, zwoływali posiedzenia senatu oraz przyjmowali zagranicznych dyplomatówWschowa..