W czasie powstańczych przygotowań Mirosławski trafił do więzienia. Jednocześnie jego korespondencję z bratem Antonim przechwycili agenci Igelstroema. Komisja Wojskowa za utrzymywanie korespondencji z Kołłątajem zawiesiła mu wypłacanie pensji. 16 kwietnia 1794 roku wraz z pułkownikiem Szubalskim przygotowywali się do obrony Arsenału. Mirosławski u boku gen. Mokronowskiego pojechał do Zamku, do prezydenta Ignacego Zakrzewskiego. 19 kwietnia przed płk Deyblem przysiągł na posłuszeństwo najwyższemu Naczelnikowi i od innych oficerów przysięgi odebrał. 20 kwietnia złożył na ratuszu papiery biskupa Kossakowskiego.
28 czerwca podczas tzw. "zaburzeń czerwcowych" znalazł się w gronie Dembowskiego, Konopki, księży Meiera i Jelskiego, którzy przewodzili wieszaniu zdrajców: biskupa Massalskiego, księcia Czetwertyńskiego, Boskampa i innych. Obawiał się Mirosławskiego sam król Stanisław August umieszczając jego nazwisko na liście niebezpiecznych jakobinów. 30 lipca Kościuszko polecił go generałowi Józefowi Orłowskiemu, który mianował go swym adiutantem. Pracował wtedy Mirosławski w Sądzie Kryminalnym Wojskowym obok Rafała Kołłątaja i Tomasza Maruszewskiego. Maciej przewodniczył w sądzie w Arsenale w 21 sierpnia, brat Antoni obecny był na sesjach od 22 sierpnia.