W 1518 Fryderyk III ufundował uniwersytetowi katedrę języka greckiego, którą początkowo miał objąć znany lingwista Johannes Reuchlin. Po odmowie Reuchlina motywowanej zaawansowanym wiekiem, stanowisko przyznano jego protegowanemu, Filipowi Melanchtonowi. W swoim pierwszym wystąpieniu Melanchton nawoływał do reformy uniwersytetu, upatrując źródła nowej myśli i inspiracji w lekturze oryginalnych tekstów antycznych. Natychmiast zdobył sympatię Lutra, z którym rozpoczął ścisłą współpracę. W 1521 opublikował pierwsze systematyczne ujęcie teologii reformacji Loci communes rerum theologicarum.
Luter został wezwany przez papieża do przyznania się do błędów i odwołania swoich tez. Ten jednak wystąpił jeszcze bardziej stanowczo za reformą kościoła, zaprzeczając twierdzeniu, że prymat papieża jest uzasadniony w Piśmie Świętym i podważając nieomylność soborów. mały|Panorama Wittenbergi, ok. 1536 Niezgodne z nauką kościoła dzieła Lutra miały być spalone, a ich autor został wezwany do pojednania z papieżem pod groźbą ekskomuniki. W odpowiedzi Luter ogłosił kolejne trzy pisma: O naprawie stanu chrześcijańskiego, O niewoli babilońskiej Kościoła oraz O wolności chrześcijanina, w których to ostro przeciwstawiał się papieskiej supremacji, krytykując wszelkie praktyki kościoła nie znajdujące potwierdzenia w Biblii.