ceremonia ślubna ma miejsce w Tyresö kyrka. Jesienią 1998 roku Lisa Nilsson rozpoczyna prace nad swym piątym albumem, Viva. Producentem jest nadal Johan Ekelund a Lisa osobiście pisze teksty i muzykę do większości piosenek na płycie. Album zbiera jednak nie najlepsze recenzje. Latem 2000 roku artystka rozpoczyna swoje kolejne tournée po Szwecji, które rozszerza następnie na Danię i Finlandię.
W roku 2001 ponownie otrzymuje nagrodę Grammis dla najlepszej artystki pop-rockowej. Lisa Nilsson pisze również teksty na swoją następna płytę, Små rum; jest też jej producentką i razem z mężem współautorką muzyki. Płyta ukazuje się w listopadzie 2001 roku i spotyka się, podobnie jak jej poprzedniczka, z mieszanym przyjęciem.
W październiku 2002 roku Lisa Nilsson i Henryk Janson rozwodzą się; po rozwodzie artystka przenosi się do Sztokholmu i jeszcze w tym samym roku rozpoczyna przygodę z filmem, występując w obrazie Colina Nutleysa Paradiset.
W 2003 roku wychodzi składanka Samlade sånger 1992-2003, po której następuje tournée piosenkarki.