Funkcjonowała ona do II wojny światowej, jednak z uwagi na odmienne prawodawstwo dotyczące spraw małżeńskich, filiał nie miał możliwości prowadzenia ksiąg stanu cywilnego ani udzielania ślubówNa terenie byłej Kongresówki Jednota Wileńska uznawana była za odrębne wyznanie kalwińskie i jej duchowni nie mogli korzystać z prerogatyw, jakimi dysponował Konsystorz reformowany w Warszawie..
Według stanu na rok 1936 Jednota Wileńska liczyła 9 parafii z 10 filiałami oraz skupiała siedmiu księży i trzech diakonów.
Wyznawcy Kościół Wileński według najbardziej rozpowszechnionych szacunków liczył w okresie II RP ok. 10–12 tys. wyznawców (dla porównania: Jednota Warszawska ponad 20 tys.), trzeba jednak uwzględnić fakt, że znaczna ich liczba to osoby jedynie formalnie należące do Kościoła, ze względu na konserwatywne prawo małżeńskie II RP.
Badacze protestantyzmu oceniają liczbę autentycznych wiernych, choć jest to niezmiernie trudne, na ok.