Zgodnie z tradycją, wybory generała był tajne, 217 elektorów z całego świata spędziło 4 dni w odosobnieniu, skupieniu i całkowitym milczeniu, a elekcja dokonała się przez murmuratio (łac. „mruczenie”). Wśród elektorów było po trzech Polaków z obu polskich prowincji Zakonu – o. prowincjał Krzysztof Dyrek, o. prowincjał Dariusz Kowalczyk, o. Tomasz Kot, o. Leszek Mądrzyk, o. Tadeusz Hajduk i o. Jerzy Sermak oraz o. Adam Żak (z urzędu jako asystent). Wyboru dokonano 19 stycznia 2008 przed godziną 12 – poprzedził go wydany 18 stycznia list papieża Benedykta XVI podkreślający szczególną wagę składanego przez jezuitów czwartego ślubu. Zgodne z tradycją jest także to, że jako pierwszy o wyborze dowiedział się papież. Według doniesień agencji informacyjnych, o. Nicolás wybrany został w drugim głosowaniu. Po raz pierwszy papież przyjął nowego generała 21 lutego.
Wybór o. Alofo Nicolása był porównywany z wyborem o. Pedro Arrupe, ze względu na podobieństwa w biografii. Dominikanin Paweł Jarociński, korespondent KAI w Japonii ocenia ten wybór jako szczególną łaskę Bożą dla Azji Południowo-Wschodniej: