Badania nad Chopinem stanowiły główne pole zainteresowań Jana Kleczyńskiego. Jako pierwszy dokonał analizy metody fortepianowej Chopina („Bluszcz”, 1869), w tym podłoże techniczne związane z aplikaturą; wskazał szereg nowatorskich elementów metody Chopina, m.in. specjalną pracę nad dźwiękiem i uderzeniem. Wykorzystując wiedzę zdobytą w Paryżu od osób bezpośrednio stykających się z Chopinem, a także w oparciu o współczesne prace dotyczące interpretacji dzieł muzycznych (m.in. Adolpha Kullaka, Mathisa Lussy'ego, Ferenca Liszta, Karola Libelta), Kleczyński podjął się przedstawienia sposobów wykonywania kompozycji Chopina. Scharakteryzował m.in. reguły frazowania, pedalizację, typ wyrazu muzycznego, podkreślając również takie elementy, jak naturalność i indywidualność stylu wykonawcy.
Kleczyński podjął się redakcji 10-tomowego wydania Dzieł Chopina (1882). Wykorzystał przy tym wcześniejsze edycje zbiorowe (m.in. Karola Mikulego z 1879), dokonał też porównań z wydaniami oryginalnymi, a ponadto dodał warianty zaproponowane przez uczniów kompozytora oraz własne wskazówki interpretacyjne.