Po pokoju Westfalskim w 1648, Świebodzin pozostał w granicach Monarchii Habsburskiej, a rozwój protestantyzmu w mieście został nieco zahamowany na rzecz prób przeprowadzenia rekatolizacji.
W latach 1686–1695 miał miejsce okres rządów brandenburskich nad miastem. Świebodzin wraz z enklawą został przekazany elektorowi brandenburskiemu Fryderykowi Wilhelmowi I jako zadośćuczynienie za zrzeczenie się praw Hohenzolernów względem księstw śląskich. Enklawa weszła w skład Nowej Marchii, a Fryderyk rozpoczął proces ekonomicznej unifikacji miasta z resztą swych posiadłości; Świebodzin otrzymał między innymi nowy herb oraz odnowiono przywileje miejskich cechów rzemieślniczych. W wyniku porozumienia zarządców Świebodzina oraz przedstawicieli dworu wiedeńskiego, miasto powróciło w 1694 pod panowanie Habsburgów. W opinii historyków okres brandenburski był czasem pozytywnych zmian w mieście, w szczególności w sferze tolerancji religijnej.