Trzy nowe umieszczono na wieży w 1520 roku wykonane przez stargardzkiego ludwisarza Lutke Rose. Na jednym z nich wyryty był relief z Chrystusem i św. Marią. Po wprowadzeniu w Choszcznie reformacji 1536/37. Przystąpiono do wznoszenia balkonów. Przebudowywano je potem w XIX wieku. Po licznych pożarach i zniszczeniach w latach 1859–1862 przeprowadzono gruntowny remont kościoła NMP. Zrekonstruowano wówczas sklepienia gwiaździste. W prezbiterium uzupełniono zniszczenia części sklepienia krzyżowo-żebrowego, założono nowe zworniki. Stara zakrystia została rozebrana, a nową dwuprzęsłową dobudowano. We wnętrzu otynkowano ośmioboczne filary i ozdobiono je kapitelami roślinnymi. Dolne partie okien w korpusie i chórze zostały zamurowane. W fasadzie zachodniej dostawiono dwie ośmioboczne wieżyczki. Portal główny otrzymał nowe profile. W XVIII wieku wieża liczyła 77 metrów wysokości, a w 1860, 65 metrów. Podczas I wojny światowej masowo zabierano dzwony z kościołów. Na potrzeby wojny w 1917 roku zabrano z kościoła NMP dwa dzwony a pozostawiono jedynie „średni” z 1643 roku. W 1945 roku został przestrzelony dzwon z 1643 r. Jest przechowywany w Choszcznie do dzisiaj. Podczas oblężenia Choszczna w 1945 roku zniszczeniu uległ dach korpusu, sklepienia okien, portale i mury wieży. Po zakończeniu działań wojennych kościół został zabezpieczony.