Okres świetności skończył się w 1557 roku, kiedy Spytek Wawrzyniec Jordan przekazał Myślenice kasztelanii krakowskiej. Krakowscy rządcy byli bardziej zajęci problemami wielkiego miasta, toteż Myślenice zaczęły podupadać. O miasteczku przypomniano sobie w latach trzydziestych i czterdziestych XVII wieku, kiedy do Myślenic trafił cudowny obraz Matki Boskiej. Kolejną degradację miasto przeżyło po potopie szwedzkim, w wyniku którego spłonęły dwa kościoły, a maryjne wota zostały rozkradzione.
Po I rozbiorze Polski Myślenice znalazły się w granicach austriackiego Królestwa Galicji i Lodomerii. W latach 1773–1775 były siedzibą okręgu Myślenice w cyrkule kazimierskim. W latach 1775–1782 należały do dystryktu Zator w ramach cyrkułu wielickiego, a w latach 1782–1819 były siedzibą samodzielnego cyrkułu myślenickiego. Ewaryst Andrzej Kuropatnicki w wydanym po raz pierwszy w 1786 r. dziełku pt. „Geografia (...) Galicyi i Lodomeryi” tak pisał o ówczesnych Myślenicach: Najjaśniejszej Franciszki z Korwinów Krasińskiej hrabiów, żony królewicza polskiego Karola dziedziczne, przedtem dobra stołowe kasztelanów krakowskich, prócz kościoła i domu na kasę murowanego, wcale drewniane dotąd.