Przełom XVI i XVII w. był początkiem upadku i zubożenia miasta, zanikło rzemiosło, burzliwe sejmiki stały się klęską i postrachem miasta, doszło nawet do rozlewu krwi w kościele. W 1619 r. pożar zniszczył drewnianą zabudowę, w 1651 r. wybuchł kolejny pożar, w którym spłonął ratusz. Miasto poważnie ucierpiało podczas potopu szwedzkiego. Proszowice należały w 1733 r. do wielkorządców krakowskich, nie podźwignęło się jednak z upadku. Inwentarz z tego okresu podaje tylko 60 domów; w 1775 r. liczyło 88 domów i 6 dworków szlacheckich; w 1791 r. było 111 domów (w tym 32 na Rynku) i 825 mieszkańców, w części królewskiej były 103 domy (dworek kasztelana krakowskiego, dworek wojewody krakowskiego, 2 dworki szlacheckie, 96 domów mieszkalnych, młyn zbożowy, folwark młyński i karczma), w duchownej – 8 (3 domy księży, szkoła parafialna, altaria św. Anny, szpital św. Ducha, folwark szpitalny, organaria). W 1765 odnotowano zamieszkiwanie miasta przez 8 Żydów.