W 1863 roku powstańcy stoczyli w okolicach miasta kilka potyczek z oddziałami wojsk rosyjskich. 14 listopada 1863 w Przasnyszu dokonano publicznej egzekucji jednego z dowódców powstańczych Stefana Cieleckiego „Orlika”, wziętego do niewoli w czasie bitwy pod wsią Osówka. Po powstaniu styczniowym w Przasnyszu stacjonowały na stałe wojska rosyjskie.
mały|Budynek koszar (XIX w.) przy ul. Makowskiej W 2. połowie XIX w. nastąpił szybki rozwój Przasnysza. Działało kilka małych zakładów przemysłowych. W końcu XIX w. władze wojskowe przystąpiły do budowy koszar przy ul. Makowskiej, w których stacjonowały oddziały 6 pułku kozaków dońskich. W mieście oprócz kościołów katolickich był kościół ewangelicki i cerkiew prawosławna oraz synagoga. W 1910 Przasnysz liczył 10,5 tys. mieszkańców.
mały|Przasnysz zniszczony działaniami wojennymi w 1915 r. W czasie I wojny światowej, w listopadzie i grudniu 1914 pod Przasnyszem toczyły się ciężkie walki pomiędzy wojskami rosyjskimi a niemieckimi. Miasto wielokrotnie przechodziło z rąk do rąk. 24 lutego 1915 zostało zajęte przez Niemców, ale już 27 lutego zostali oni wyparci przez oddziały rosyjskie z I i II Korpusu Syberyjskiego.