Upadek Przasnysza okazał się długotrwały. Dopiero w 2 poł. XVIII w. miasto zaczęło się ponownie rozwijać. W czasie Konfederacji Barskiej w okolicach Przasnysza mieściła się baza wypadowa oddziału konfederatów słynnego Kozaka Józefa Sawy Calińskiego, wybitnego dowódcy, który po dostaniu się do niewoli rosyjskiej po bitwie pod Szreńskiem, zmarł od ran i został pochowany w okolicach Przasnysza w 1771 r.
13 marca 1794 roku w Przasnyszu stanął na czele zbuntowanej I Wielkopolskiej Brygady Kawalerii Narodowej gen. Antoni Józef Madaliński, który marszem z Ostrołęki do Krakowa dał sygnał do wybuchu insurekcji kościuszkowskiej. Madaliński zaciągnął oddziałek Kurpiów, formując z nich jednostkę strzelców pieszych.
Po klęsce insurekcji kościuszkowskiej i III rozbiorze Polski (1795) Przasnysz znalazł się w składzie monarchii pruskiej jako siedziba rozległego powiatu obejmującego m.in. Ciechanów.
30 stycznia 1807 w Przasnyszu zatrzymał się Napoleon I Bonaparte.
W latach 1807–1815 Przasnysz wchodził w skład Księstwa Warszawskiego, a następnie po Kongresie wiedeńskim stał się częścią Królestwa Polskiego, wchodzącego w skład Imperium Rosyjskiego.