Po hebrajskim, razem z Pelikanem, zajęli się nauką kolejnych języków semickich – aramejskiego i etiopskiego.

Między 1514 a 1518 rokiem Münster pracował jako lektor zakonnej szkoły franciszkanów w Tybindze. Przy okazji uczył się astrologii i praktycznej matematyki u sławnego Stöfflera. W 1518 r. Sebastian Münster jako lektor powrócił do Bazylei i w szkole zakonnej uczył do 1521 r. Po roku 1518 opublikował wiele prac hebraistycznych, dzięki czemu stał się znany. Przez Ludwika V został zaproszony na uniwersytet w Heidelbergu na stanowisko profesora hebraistyki. Uczył od 1521 do 1529 r. po czym wystąpił z zakonu franciszkanów i przeniósł się na uniwersytet w Bazylei. Tu ostatecznie przekonał się do protestantyzmu i zmienił wyznanie. W 1530 r. ożenił się z Anną Selber, wdową po bazylejskim drukarzu Adamie Petri. Miał z nią córkę Aretię, urodzoną w 1532 r. Nic nie stało teraz na przeszkodzie, aby samemu zająć się przygotowaniami do druku własnych prac i tłumaczeń. Sprawami technicznymi, czyli nadzorem nad pracami drzeworytniczymi, składem oraz samym drukiem zajmował się wyłącznie jego pasierb Heinrich Petri. Z kolofonów książek wynika że to on był właścicielem oficyny i drukarzem.