Münster w uznaniu kompetencji i zasług w 1547 r. został powołany na rektora uniwersytetu w Bazylei. Jako dewizę przyjął hasło „Szacunek dla Boga podstawą poznania”. Wydanie Kosmografii z 1550 r. było ostatnią wersją, do której poprawki mógł osobiście nanieść sam Münster, następne wydania odbywały się już bez jego udziału. Sebastian Münster pochowany został w katedrze bazylejskiej. Mowę pogrzebową w języku hebrajskim wygłosił zaprzyjaźniony z nim wcześniej, humanista Erasmus Oswald Schreckenfuchs.
Portrety Sebastiana Münstera Istnieje kilka portretów Münstera wykonanych w różnych technikach, przez różnych artystów i w różnym czasie. Do najważniejszych należą oczywiście portrety wykonane za jego życia. Do takich należy portret przygotowany w technice drzeworytu przez Holbeina około roku 1530 w Bazylei. Portret był powielany razem z kolejnymi wydaniami Kosmografii, także tymi w wersji miedziorytowej, wymagającej poważnej przeróbki. Przykładem takiej wersji może być niemieckie wydanie Kosmografii z 1615 r. z miedziorytem przygotowanym przez Willema de Haen.