Drugim portretem wykonanym za życia naukowca jest obraz olejny przedstawiający go jako rektora Uniwersytetu w Bazylei, wykonany przez Christopha Ambergera. Obraz ten jest najbardziej znany, gdyż na jego podstawie przygotowano w Niemczech banknot 100 markowy będący w obiegu w latach 1962–1991.
Dzieła Wszechstronne wykształcenie oraz wielość zainteresowań pozwoliły Sebastianowi Münsterowi tworzyć w wielu dziedzinach. Napisał ponad 70, często obszernych dzieł z hebraistyki, nauk przyrodniczych, geografii, teologii i biblistyki. Po 1530 r. wszystkie swe prace wydał w Bazylei, w warsztacie drukarskim swego pasierba.
Jednym z pierwszych dzieł Münstera była wydana w 1520 r. pod tytułem Liber viarum linguae sacrae łacińska wersja hebrajskiej gramatyki Mosesa Kimchi. Następnie na szczególną uwagę zasługują Dictionarium trilingue, czyli słownik łacińko-grecko-hebrajski (1530) oraz pierwsze chrześcijańskie wydanie Biblii po hebrajsku w tłumaczeniu z łaciny (2 tomy wydane gdzieś na przełomie 1534 i 1535 r.).
W 1530 roku ukazało się jego wydanie mapy Niemiec natomiast w 1536 r. autorska mapa Europy. Stosunkowo późno wydał Rudimenta mathematica (1551) praktyczną matematykę z przykładami zastosowań w geografii oraz astronomii.