Wydalonych kleryków społeczeństwo rusińskie Lwowa uznało za bohaterów, a ataki prasy (głównie "Słowa") doprowadziły niebawem do przeniesienia się Czerlunczakiewicza na Uniwersytet Jagielloński, gdzie również objął katedrę dogmatyki.
W Krakowie, gdzie przebywał od lipca 1865, Czerlunczakiewicz objął też parafię obrządku greckiego, ale pensji został pozbawiony przez władze rosyjskie, które dotąd parafię opłacały. Czterokrotnie pełnił funkcję dziekana Wydziału Teologii, oprócz teologii dogmatycznej i specjalnej wykładając także prawo kanoniczne oraz filozofię tomistyczną.
W 1882 przeszedł w stan spoczynku, do 1885 r. pozostając proboszczem krakowskiej parafii greckokatolickiej. Resztę życia spędził w Przemyślu. W 1891 r. bez powodzenia kandydował w wyborach do Rady Państwa VIII kadencji z okręgu w ŻółkwiGazeta Lwowska, 19 lutego 1891 r.; reprezentował konserwatywną opcję staroruską, nastawioną ugodowo w stosunku do Polaków. Pochowany na cmentarzu Głównym w Przemyślu (kw. 27B, rząd 4, grób 8).
Jego bratankami byli Cyryl, adwokat i działacz rusiński, oraz Tadeusz, prawnik i bankowiec.