skandal wywołało jego twierdzenie, wygłoszone na wykładzie w czerwcu 1863 r., iż "schizmatycy są synami diabła, cerkiew prawosławna jest synagogą diabelską, w eucharystii schizmatyckiej siedzi sam diabeł". Rychło popadł także w konflikt z klerykami rusińskimi, dla których wykład prowadził po łacinie, podobnie jak dla kleryków obrządku łacińskiego. Wielokrotnie dawał się poznać jako zagorzały przeciwnik małżeństw księży, i sam, chociaż syn duchownego, określił dzieci księży jako pochodzące z nieprawego łoża.
Apogeum konfliktu nastąpiło po odebraniu przez administrację seminarium obiadów jednemu z kleryków, który u Czerlunczakiewicza otrzymał stopień niedostateczny. 13 maja 1864 doszło do niepokojów; klerycy rusińscy II roku nie wpuścili Czerlunczakiewicza do sali wykładowej i obrzucali go jajami, kontynuując potem demonstrację wewnątrz sali wykładowej razem z osobami świeckimi. W efekcie dochodzenia, przeprowadzonego przez rektora ks. Łukasza Soleckiego, 37 kleryków usunięto z uczelni (przenieśli się oni na dalsze studia do Krakowa).