Wnętrze Budowla jest jednonawowa z kaplicami bocznymi i transeptem i prosto zamkniętym prezbiterium. Nawa jest sklepiona kolebkowo z lunetami, a nad jej skrzyżowaniem z transeptem wznosi się ośmioboczna kopuła z tamburem. Kaplice połączone są ze sobą przejściami, dzięki czemu przypominają nawy boczne i dlatego ten kościół często mylony jest z trójnawowym. Kaplic jest 6, w tym 2 sklepione kopułami. Wezwania kaplic to: Kaplica św. Piotra w Okowach Kaplica św. Katarzyny Aleksandryjskiej (z kopułą) Kaplica św. Sebastiana Kaplica św. Jana Chrzciciela Kaplica Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny (z kopułą) Kaplica św. Józefa Dodatkowe kaplice urządzone są w transepcie: Kaplica Adoracji Chrystusa zdjętego z krzyża (w lewym ramieniu transeptu) Kaplica św. Jana Kantego (w prawym ramieniu transeptu). Bogaty wystrój wnętrza (w tym nastawy ołtarzowe) jest zaprojektowany i wykonany przez Baltazara Fontanę, obrazy malowali Karol Dankwart, oraz Karol i Innocenty Monti. Kościół uchodzi za jedną z najpiękniejszych budowli barokowych w Polsce.