Prezbiterium Główną nastawę ołtarzową zaprojektował Baltazar Fontana, a wykonał Jan Liszkowic. Znajduje się w niej obraz przedstawiający św. Annę Samotrzecią, pędzla Jerzego Siemiginowskiego. Figury świętych po bokach (św. Stanisław i św. Wojciech) wyrzeźbił Fontana w 1701 roku. Stalle wykonał w 1730 roku Jan Olbrosowicz. W ich zapleckach w 1741 roku Szymon Czechowicz namalował 4 sceny: Zwiastowanie Najświętszej Marii Panny Spotkanie św. Anny i św. Joachima Narodzenie Najświętszej Marii Panny Św. Anna z Marią i Joachimem Ambonę z podtrzymującym ją aniołem wyrzeźbił w 1727 r. Antoni Frączkiewicz.
Chrzcielnicę odlał w 1646 roku Jakub Erlicher. Jest to jedyny zachowany element wyposażenia z poprzedniego kościoła.
Na ścianie czołowej znajduje się Zwiastowanie, a na sklepieniu w 3 kolejnych przęsłach: Duch Święty (w stiuku), Niepokalana (namalowana), Boże Narodzenie (w stiuku).
Na bocznych ścianach prezbiterium – naprzeciwko siebie zostali namalowani w technice en grisaille Maria i Jezus. Zostali podpisani nie swoimi imionami, lecz cytatami z Pisma Świętego: Maria: Domus Dei – Dom Boży Jezus: Caput Anguli – Kamień Węgielny