Wersje specjalne i użytkowe H6-50 i H6-56 Nazwy Autosan H6-50 i Autosan H6-56, w przeciwieństwie do wersji pasażerskich, były wspólnym oznaczeniem pojazdów zbudowanych na bazie autobusu Autosan H6, niezależnie od wersji wejściowej autobusu. Autosan H6-50 to dwumiejscowy furgon. Natomiast Autosan H6-56 to towos mający 9 miejsc siedzących i 1,7 t ładowności. Parametry te powodują, że pojazd ten sprawdzał się jako pogotowie techniczne. Pojazdy użytkowe zbudowane na podzespołach Robura miały 3 i 8 miejsc siedzących.
H6-ZK Produkowano również odmianę specjalną do transportu więźniów Autosan H6-ZK. Pierwszy Autosan H6-ZK powstał w 1993 na bazie Autosana H6-04. W autobusie znajdowało się 17 miejsc dla osadzonych i 3 dla konwojentów. Na pokładzie zamontowano toaletę. W 1994 powstały jeszcze dwie więźniarki na podstawie nadwozia Autosan H6-10.
Konstrukcja Konstrukcja Autosana H6 została oparta na podwoziu lekkiej ciężarówki – Star 742. Ciężarowe pochodzenie konstrukcji wymusiło zastosowanie wysokiej płyty podłogowej oraz rozwiązań stosowanych w ciężarówkach. Z drugiej strony pozwoliło na obniżenie kosztów konstrukcji oraz pośrednio obniżyło koszty eksploatacji.