W pierwszej połowie lat 20. Canaris wyjeżdżał służbowo do Japonii, Szwecji i Hiszpanii, gdzie potajemnie kupował nowe okręty i uzbrojenie dla niemieckiej marynarki wojennej, znacznie zredukowanej traktatem wersalskim. W 1924 roku w ramach współpracy z japońską stocznią Kawasaki odpowiadał za kontrolę budowy okrętów podwodnych i krążowników dla floty niemieckiej. Po powrocie do kraju, w tym samym roku, skierowany został do sztabu marynarki w Ministerstwie Obrony. Prowadził równocześnie działalność wywiadowczą (m.in. w Hiszpanii) w organizacji zakonspirowanej pod nazwą „Oddział Transportu Morskiego”.
W czerwcu 1928 roku objął służbę jako pierwszy oficer na przestarzałym pancerniku „Schlesien”, którą pełnił do września 1930 roku; w tym czasie 1 czerwca 1929 roku został mianowany na stopień komandora porucznika (Fregattenkapitän). Od października 1932 do września 1934 roku był dowódcą pancernika „Schlesien”. W 1934 roku został komendantem twierdzy Świnoujście. 1 stycznia 1935 roku został awansowany do stopnia kontradmirała (Konteradmiral) oraz mianowany szefem wywiadu i kontrwywiadu wojskowego Abwehr.
Służba w Abwehrze thumb|Wilhelm Canaris w randze komandora podporucznika, ok. 1927 r.