Służba w Reichsmarine w latach 20. 13 marca 1920 roku wybuchł pucz Kappa-Lüttwitza. Minister obrony Gustav Noske, poinformowany dzień wcześniej o planach buntowników, wysłał do odległego o 25 km Döberitz, głównej siedziby puczystów, admirała Adolfa von Trotha i Canarisa z misją zbadania sytuacji. Obaj nazajutrz wrócili do Berlina i oświadczyli, że nic niepokojącego nie zauważyli. Canaris niebawem sam się przyłączył do puczu, lecz po ucieczce Kappa do Szwecji 17 marca ponownie został umieszczony na kilka dni w areszcie.
thumb|Krążownik „Berlin” w latach 20.
Po ustaniu rewolucji Canaris ponownie trafił do marynarki wojennej (Reichsmarine). Od lipca 1920 roku przez trzy lata był oficerem sztabowym Morskiej Stacji Bałtyku, następnie między 19 czerwca 1923 a 15 maja 1924 służył na krążowniku „Berlin” jako pierwszy oficer. 1 stycznia 1924 został awansowany do stopnia komandora podporucznika (Korvettenkapitän).