W ataku zginęło dwóch zakładników (w tym jeden zastrzelony omyłkowo przez komandosów, którzy wzięli go za porywacza, gdy wstał po komendzie „Padnij!”), a 7 zostało rannych. Śmierć poniósł dowódca izraelskich komandosów Jonatan Netanjahu, a inny żołnierz został ciężko ranny i sparaliżowany. Zabito sześciu terrorystów, w tym Niemców. Podczas walk zginęło też 45 żołnierzy ugandyjskich.
Uratowani zakładnicy zostali wprowadzeni do jednego z herculesów. Trwało to siedem minut. Samolot z pasażerami wystartował o godz. 23:52. Następnie komandosi ogniem karabinów maszynowych zniszczyli 11 ugandyjskich myśliwców MiG-17 stojących na lotnisku oraz lotniskowy radar. Miało to uniemożliwić ewentualny pościg. Ostatni hercules wystartował o godz. 0:40. Następnym punktem planu było lądowanie w Nairobi.