„Easter Bunny” – króliczek wielkanocny), liryka porusza prozaiczne, lecz istotne sprawy z chrześcijańskiego punktu widzenia. Następnym wytworem zespołu jest album This Might Sting a Little wydany w 1999 roku. Pierwszy utwór z tej płyty „I just know” stał się jednym z najsłynniejszych utworów Disciple i wiele miesięcy utrzymywał się na pierwszych miejscach chrześcijańskich rozgłośni oraz rankingach CCM.
W składzie Kevin Young (wokal i bas), Brad Noah (gitara) oraz Tim Barrett (perkusja) zespół koncertował, jednocześnie przygotowując kolejną płytę – By God, która ukazała się 6 lutego 2001. Do tego momentu zespół często sięgał do stylu Groove metal.
Momentem przełomowym był dla Disciple rok 2003. Wówczas 25 lutego ukazał się kolejny longplay Back Again, a zespół zaskoczył większą melodyjnością utworów. Piosenka „One More Time” z tego albumu ze względu na głębokie przesłanie, przez wielu została uznana za najlepszą balladę w historii rocka chrześcijańskiego. Tego samego roku do zespołu dołączył Joey Fife, zastępując na basie Younga, który mógł teraz zająć się wyłącznie partiami wokalnymi. Kevin i Joey poznali się przypadkowo na parkingu przed kręgielnią, gdy ten pierwszy napomknął o tym, że poszukuje basisty do zespołu.