Hansa Rostock Debiut Kerna w barwach Hansy miał miejsce 22 stycznia 2006 roku w wygranym 3-1 spotkaniu przeciwko Kickers Offenbach. Już w 7' tego meczu zdobył swoją pierwszą bramkę. Później trafiał do siatki przeciwnika jeszcze siedmiokrotnie, a jego drużyna zajęła dziesiąte miejsce w tabeli.

W następnym sezonie Enrico rozegrał 33 spotkania, strzelił dwanaście bramek i zanotował cztery asysty, czym przyczynił się do zajęcia przez klub drugiej lokaty, co skutkowało awansem do 1. Bundesligi.

Sezon 2007/2008 nie był udany dla piłkarzy z nadmorskiej miejscowości, gdyż zajęli przedostatnie, siedemnaste, miejsce w tabeli i tym samym wrócili do 2. Bundesligi, zaś Kern w trzydziestu dwóch meczach zdobył siedem bramek, co uczyniło go najlepszym strzelcem drużyny. Jeszcze lepiej spisał się w Pucharze Niemiec, gdzie w trzech spotkaniach strzelił aż pięć bramek, a Hansa dotarła do 1/8 finałuDFB – Deutscher Fußball-Bund e.V. – DFB-Pokal 2007/2008..