Rozgrywki 2. Bundesligi w sezonie 2008/2009 miały być dla piłkarzy Hansy szansą na powrót do wyższej ligi, której jednak nie wykorzystali zajmując dopiero 13. miejsce w tabeli. Enrico zanotował w tym sezonie dwie asysty i jedenaście goli, co spowodowało, że po raz trzeci z rzędu był najskuteczniejszym strzelcem drużyny. W krajowym Pucharze Kern zdobył dwa gole w wygranym 2-1 meczu drugiej rundy przeciwko Eintrachtowi Frankfurt. Przygoda pucharowa zawodników Hansy ponownie skończyła się na etapie 1/8 finałuDFB – Deutscher Fußball-Bund e.V. – DFB-Pokal 2008/2009..
W sezonie 2009/2010 nie wiodło się tak klubowi, jak i Kernowi, który w dwudziestu dwóch meczach zaledwie raz skierował piłkę do siatki przeciwnika. Hansa zajęła szesnaste miejsce w tabeli i po przegranych (0-1 i 0-2) barażach z FC Ingolstadt 04 spadła do 3. Ligi. Enrico postanowił jednak powrócić do Erzgebirge Aue, które obrało kierunek przeciwny do Hansy Rostock i właśnie awansowało do 2. Bundesligi.