Najważniejszym miejscem w kościele dolnym jest zejście prowadzące do krypty, w której znajduje się Kaplica Grobu św. Franciszka. Po wybudowaniu kościoła dolnego i pochowaniu w nim świętego (25 maja 1230) pod głównym ołtarzem, przez kilka wieków miejsce jego spoczynku nie było dokładnie znane. W 1818 papież Pius VII pozwolił franciszkanom na poszukiwania grobu. W dniu 18 grudnia 1818 znaleziono sarkofag. Relikwie złożono w wykutej w skale kaplicy, w szerokiej kolumnie ustawionej w miejscu znalezienia ciała. Kolumnę – grobowiec umieszczony w centrum kaplicy otacza ozdobna krata. W czterech niszach umieszczono groby pierwszych czterech braci zakonu św. Franciszka, czyli błogosławionych Leona, Masseo, Anioła i Rufina.
Od wejścia po lewej stronie, patrząc w kierunku ołtarza, do nawy kościoła dolnego przylegają kaplice: św. Marcina, św. Stanisława Szczepanowskiego, św. Jana Chrzciciela. Po stronie prawej kaplice: św. Szczepana, św. Wawrzyńca, św. Antoniego z Padwy, św. Marii Magdaleny i św. Mikołaja z Miry (Bari). Wykonanie ich zniszczyło wcześniejsze freski Maestro di San Francesco namalowane na ścianach nawy (pozostały tylko fragmenty). Przedstawiają one sceny z życia Jezusa Chrystusa (po prawej stronie) i św.