Franciszka (po lewej stronie).
Najstarsze freski jakie zachowały się w całej bazylice – strona prawa (od wejścia w kierunku ołtarza): Przygotowanie do Ukrzyżowania, Ukrzyżowanie, Zdjęcie z Krzyża, Opłakiwanie Jezusa, Zmartwychwstanie; strona lewa: Św. Franciszek wyrzeka się dóbr doczesnych, Sen papieża Innocentego III, Kazanie do ptaków, Stygmaty św. Franciszka, Pogrzeb św. Franciszka.
Kaplica św. Marcina ozdobiona jest freskami, które w dziewięciu scenach ukazują życie świętego. Wykonał je Simone Martini na początku XIV wieku. Witraż w kaplicy pochodzi z warsztatu Jana di Bonito i jest datowany na rok 1350.
Kaplica św. Stanisława Szczepanowskiego, biskupa krakowskiego i męczennika kanonizowanego w bazylice św. Franciszka 8 września 1253 r., powstała w drugiej połowie XIV wieku. Zdobią ją freski malarza Szkoły Rzymskiej, mistrza z Asyżu – Puccio Capanna oraz nieznanego naśladowcy Giotta. Przedstawiają sceny z życia świętego oraz Ukrzyżowanie Jezusa i Koronację Maryi Panny.
Kaplica św. Mikołaja z Bari została zbudowana ok. 1270 r. a kaplica św. Magdaleny w 1310 r. Zdobią je freski Giotta i jego ucznia zwanego Maestro di San Nicola.
Kaplice św. Szczepana i św. Antoniego zbudowano w latach późniejszych, na przełomie XVII i XVIII wieku.