Ołtarz Główny – wykonany został w ok. 1250 r. w Rzymskiej Szkole Cosmati’ch. Możliwe, że marmurowa mensa pochodzi z Konstantynopola. Ołtarz zdobi 20 rzeźbionych kolumienek i mozaika. Nad nim, na sklepieniu krzyżowym, znajdują się freski namalowane przez Giotta w latach 1315–1320. Są to alegorie trzech ślubów zakonnych: Alegoria Ubóstwa – przedstawia zaślubiny św. Franciszka z Panią Ubóstwo, ślub błogosławi Jezus w obecności aniołów; Alegoria Czystości – uosabiana przez ubraną na biało dziewczynkę zamkniętą w wieży strzeżonej przez żołnierzy; Alegoria Posłuszeństwa – ukazana jako skrzydlata postać nakazująca milczenie i nakładająca jarzmo zakonnikowi.Obok namalowane zostały dwie cnoty: roztropność (postać o dwóch obliczach po prawej ręce skrzydlatej postaci) i pokora (z klęczącym u jej stóp aniołem broniącym dostępu pysze).Wyżej namalowana została postać św. Franciszka przepasanego sznurem, z jarzmem na szyi w towarzystwie dwóch aniołów Gloria, czyli Chwała św. Franciszka – przedstawia ubranego w dalmatykę świętego, zasiadającego na tronie unoszonym przez aniołów.
Na zakończeniu lewego ramienia transeptu znajduje się kaplica św. Jana Chrzciciela.