Malarstwo gotyckie reprezentuje cykl malowideł został wykonany w tzw. Części Krzyżowej kościoła, czyli na ścianach i sklepieniu transeptu na wysokości ołtarza głównego. W prawym ramieniu (patrząc w kierunku ołtarza), na sklepieniu, namalowane zostały freski przedstawiające dzieciństwo Jezusa. Na ścianach przedstawione są wizerunki pięciu pierwszych świętych zakonu franciszkańskiego (namalowane przez Simone Martini), scena wskrzeszenia dziecka przez św. Franciszka, Madonna z dzieciątkiem w otoczeniu aniołów (nad portretami zakonników) oraz św. Franciszek (dzieło Cimabue). Z uwagi na czas powstania obrazu, ok. 1280 r. przyjmuje się, że jest to najbardziej wiarygodny portret świętego. Lewe ramię transeptu jest ozdobione freskami namalowanymi przez Pietra Lorenzo i jego uczniów. Przedstawiają one sceny męki Jezusa Chrystusa. Pod obrazem Ukrzyżowania namalowana został Matka Boska z Dzieciątkiem, św. Jan i św. Franciszek. Fresk ten nazywany jest często Dziewicą Zachodzącego Słońca. Uważa się bowiem, że właśnie o tej porze wygląda najładniej. Freski powstały w ok. 1459 r.