Przez krótki czas istniała również wzorowana na korporacji organizacja żeńska „Znicz”.

Ostatnie lata uczelni w Litwie niepodległej Po włączeniu Wilna w skład Litwy w 1939 roku Uniwersytet Witolda posłużył za wzór do zorganizowania podobnej placówki w nowej stolicy państwa – na bazie b. Uniwersytetu Stefana Batorego. W styczniu 1940 roku do Wilna przeniesiono wydziały Humanistyczny i Prawa, a w lecie tego roku Matematyki i Nauk Ścisłych. W tym też okresie – z powodów ideologicznych – uczelnia zmieniła nazwę na Uniwersytet Kowieński.

Na początku 1941 roku profesorowie Uniwersytetu pomogli w organizacji Akademii Nauk Litewskiej SRR.

Po wyzwoleniu Litwy spod okupacji radzieckiej w czerwcu 1941 roku uniwersytet wrócił do nazwy sprzed 1940 roku, jednak w marcu 1943 roku został zamknięty przez kolejnych okupantów na skutek niepowodzenia akcji werbunku młodych Litwinów do SS. Wielu z pracowników i studentów było represjonowanych przez władze niemieckie.