Na jesieni 1944 roku działalność uczelni została przywrócona – składała się ona odtąd z czterech fakultetów: Historyczno-Filologicznego, Medycznego, Architektury i Technologii. Po przeniesieniu Wydziału Filozofii do Wilna w 1949 roku, władze radzieckie zadecydowały o zamknięciu uczelni, a następnie przekształceniu jej w Kowieński Instytut Politechniczny oraz Kowieński Instytut Medyczny (w październiku 1950).
Ponowne otwarcie w 1989 Przywrócenie Kownu statusu ośrodka uniwersyteckiego było jednym z postulatów ruchu na rzecz przebudowy Litwy w 1988 roku. Formalna decyzja została podjęta 28 kwietnia 1989 roku, Rada Najwyższa Litewskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej zaakceptowała ją 4 czerwca, a w lipcu rząd opracował tymczasowy statut uczelni.
Pierwszy od pięćdziesięciu lat semestr nauki rozpoczął się 1 września 1989 roku na wydziałach Ekonomii, Nauki oraz Humanistycznym. UWW był pierwszą na terenie ZSRR szkołą wyższą cieszącą się względną niezależnością od rządu.
Stosunki międzynarodowe Uczelnia utrzymuje ścisłe więzi z licznymi uniwersytetami w USA, Europie i Azji. Wykłada na niej prof. dr hab.