W sierpniu 1939 roku nastąpiła zmiana na stanowisku dowódcy brygady. Dotychczasowy dowódca, pułkownik Tomasz Mazurkiewicz został przeniesiony do Departamentu Uzupełnień Ministerstwa Spraw Wojskowych w Warszawie na stanowisko oficera sztabowego do spraw inspekcji komend rejonu uzupełnień. Zastąpił go pułkownik dyplomowany Antoni Jan Żurakowski, długoletni dowódca 24 pułku piechoty w Łucku, ostatnio na stanowisku komendanta miasta Grodna.
Chełmińska Brygada ON w kampanii wrześniowej Dowództwo Chełmińskiej Brygady ON po ogłoszeniu mobilizacji powszechnej weszło w skład Oddziału Wydzielonego „Toruń”, jako dowództwo dyspozycyjne w składzie którego nie było żadnych pododdziałów ON. Następnie wraz z dowództwem OW organizowało obronę przedmościa toruńskiego. Dowództwu brygady od 1 do 7 września okresowo podporządkowano batalion PW „Toruń”, bataliony marszowe pułków piechoty: 59, 63, 64, 66 i 67 oraz dywizjony artylerii lekkiej: 68 i 48. W rejonie Torunia doszło do częściowej reorganizacji wojsk. Bataliony marszowe weszły jako uzupełnienie w skład 27 Dywizji Piechoty oraz 15 Dywizji Piechoty. Podczas następnej reorganizacji oddziałów Armii „Pomorze”, 10 i 11 września dowództwo brygady weszło w skład improwizowanej Grupy płk dypl. Stanisława Świtalskiego.