Swój debiut w fazie grupowej europejskich pucharów zaliczył w Pucharze UEFa w sezonie 2007/08 w spotkaniu przeciwko 1. FC Nürnberg, występując tylko przez minutę meczu, który zakończył się wynikiem 2:0 na konto Angilków. W pucharach doszedł do 1/8 finału, gdzie natrafił na ACF Florentine. Pierwszy mecz zakończył się porażką Evertonu wynikiem 2:0, Jagielka rozegrał pełne 90 minut. Mecz rewanżowy rozegrał się na stadionie Goodison Park, gdzie po wygranym w regulaminowym czasie gry Everton wygrywał 2:0. Wynik w dwumeczu wynosił 2:2, przez co spotkanie musiało zostać dogrywane, żeby wyłonić zwycięzcę. W dogrywce nie padła żadna bramka, więc spotkanie potoczyło się do rzutów karnych, w których Florentina zwyciężyła 4:2, a Everton odpadł z turnieju. Phil Jagielka rozegrał 120 minut spotkania, w którym w rzutach karnych przestrzelił karnego na wagę awansu.
Po raz ostatni w Pucharze UEFA wystąpił w sezonie 2008/09, w późniejszym czasie puchar został przekształcony na Ligę Europy.
W lidze Europy zadebiutował w drugiej rundzie meczu rewanżowego przeciwko Sporting CP, w którym w 52 minucie wszedł z ławki. Ostatecznie spotkanie zakończyło się porażką Evertonu 0:3.