Rodzeństwo wielokrotnie chciało zabrać go ze sobą do Stanów Zjednoczonych, lecz Szymon za każdym razem odmawiał wyjazdu. mały|Ohel Klugera, 2007 Synagoga, którą Kluger się opiekował, w końcu doczekała się renowacji, której inicjatorem była fundacja Auschwitz Jewish Center Foundation ze Stanów Zjednoczonych i jej nowo powstająca filia w Oświęcimiu.
Śmierć i miejsce spoczynku Szymon Kluger nie doczekał ponownego otwarcia świątyni – zmarł 26 maja 2000 roku, na trzy miesiące przed otwarciem synagogi. W Oświęcimiu nie było już Żydów, którzy mogliby właściwie przygotować go do pochówku. Wezwano najbliższego rabina z Krakowa. Wymagane było również minjan, kworum 10 mężczyzn w wieku powyżej 13 lat – dzięki interwencji regularnie odwiedzającego Oświęcim edukatora z Jerozolimy, autobus amerykańskich studentów żydowskich zgodził się wziąć udział w pogrzebie, aby uzupełnić tę liczbę. Szymon Kluger został pochowany w ohelu na cmentarzu żydowskim w Oświęcimiu.
W pogrzebie wzięło udział trzydziestu kilku młodych mężczyzn z Izraela.