John Paterson przestudiował bakteryjną florę jelitową chronicznie chorych pacjentów oraz wykonał próby z tymi bakteriami według Hahnemanna. Według homeopatów niewłaściwy sposób odżywiania, substancje barwiące i środki konserwujące w pożywieniu oraz leki alopatyczne obciążają jelita.
przygotowane z leków alopatycznych: Penicillinum, ergotyna i Cortison sporządzone ze szczepionek: Vaccininum, BCG, Morbillinum
Pochodzenie i podział chorób według Hahnemanna thumb|190px|Miazma i warstwy homeopatyczne na konstytucji pacjenta W ujęciu homeopatycznym przyjmuje się, że większość chorób powstaje za sprawą samego organizmu, w wyniku niedostrzegalnego zaburzenia energii życiowej. Miazma, konstytucja pacjenta oraz nabyte w ciągu życia warstwy homeopatyczne są odpowiedzialne za predyspozycje do zapadalności na niektóre choroby. Bakterie, wirusy, drobnoustroje oraz pyłki traw nie stanowią przyczyny choroby, a jedynie mogą prowadzić do jej uaktywnienia się. Ostatecznie odporność pacjenta utożsamiana z siłą życiową decyduje o zachorowalności. W związku z tym homeopatia dąży do zwiększenia energii życiowej pacjenta, zaś w mniejszym stopniu zajmuje się eliminowaniem czynników chorobotwórczych, w przeciwieństwie do medycyny, która szuka przyczyny choroby poza organizmem i leczy poprzez eliminowanie czynników chorobotwórczych.