W latach 1872–1873 prowadził intensywną kampanię przeciwko grupom Yavapai oraz Tonto Apache.
Zamiast ciężkich kolumn zaopatrzeniowych wykorzystujących wozy stosował transport na mułach, co zwiększało mobilność oddziałów w górzystym terenie.National Park Service, Tonto Apache War, dostęp 24 sierpnia 2026.
Oddziały Crooka prowadziły działania przeciwko osadom Yavapai i Apaczów w Tonto Basin. Kampania doprowadziła do kapitulacji wielu grup oraz ich przesiedlenia do rezerwatów. Działaniom tym towarzyszyły znaczne straty wśród rdzennej ludności; jednym z najbardziej krwawych wydarzeń był atak znany później jako masakra w Skeleton Cave.National Park Service, Yavapai and Tonto Apaches, dostęp 24 sierpnia 2026.
W 1873 Crook został mianowany generałem brygady regularnej armii.
Wielka Wojna Siuksów W latach 1875–1882 Crook dowodził Departmentem Platte z siedzibą w Fort Omaha. W 1876 powierzono mu dowództwo jednej z kolumn armii amerykańskiej prowadzących operacje przeciwko Lakotom i Szejenom podczas Wielkiej Wojny Siuksów.