Drugi etap budowy, zapoczątkowany po objęciu rządów przez biskupa Hermana, przyniósł znaczące zmiany w pierwotnym projekcie. Do wschodniej części (prezbiterium z apsydą i transeptem) dobudowano na przełomie XII i XIII wieku wiele pomieszczeń. Przy południowej ścianie prezbiterium rozpoczęto budowę kwadratowego kapitularza, a w oparciu o północne ramię transeptu zaczęto wznosić południowy krużganek wirydarza. dobudowano też zakrystię (północna strona chóru), paradyż osłaniający późnoromański portal główny (przy ścianie południowej transeptu). Zwraca uwagę portal północny, będący najstarszym (XII w.) oraz portal południowy, uznawany za najpiękniejszy (lata 1230-1250). Budowa była dwukrotnie przerwana przez najazdy wojsk brandenburskich w 1273 i 1308 roku. W czasie najazdu Brandenburczyków na Kamień w 1308 roku wojska brandenburskie spaliły częściowo istniejący wschodni fragment budowli. Po wznowieniu prac po roku 1308 katedra została odbudowana i prawdopodobnie rozbudowana za czasów biskupa Fryderyka von Eickstedta. Na romańskim planie i fundamentach bazyliki rozpoczęto budowę w XIV i XV wieku nawy głównej oraz dwóch naw bocznych w stylu gotyckim. Na dawnych fundamentach utworzono wirydarz (od północy korpusu), oraz korpus nawowy.